Przeciwstawianie roślin GM, właśnie „stworzonych” do czystej ekologicznej produkcji roślinom uprawianym tzw. metodami ekologicznymi jest całkowicie sztucznym, marketingowym problemem. Spór nie ma żadnego merytorycznego uzasadnienia i wynika jedynie z konfliktu interesów między producentami taniej i zdrowej żywności ulepszonej biotechnologicznie a producentami żywności produkowanej tzw. metodami ekologicznymi, która jest znacznie droższa.

Włączenie nowego genu w skład dowolnego organizmu wyższego jest procesem bardzo skomplikowanym i nie może zajść poprzez przenikniecie do organizmu drogą pokarmową lub innymi normalnymi tzw. Drogami wejścia (np. oddechowymi). W przeciwnym razie człowiek zmieniałby się genetycznie pod wpływem tego co zjada.

Przeciwnicy biotechnologii w rolnictwie straszą wizja „superchwastów” , które miałyby powstać, gdy samosiewy rośliny GM wyrosną w uprawie następczej. Inna możliwość to przekrzyżowanie zmodyfikowanych roślin uprawnych ze spokrewnionymi gatunkami dzikimi. Takie rośliny, dzięki uzyskaniu nowych cech, miałyby zdominować nowe gatunki, naruszyć bioróżnorodność i zwiększyć koszty dla rolników.
Rośliny uprawne są ulepszane pod kątem odporności na środek chwastobójczy o lepszym profilu ekologicznym, o bardzo szerokim spektrum zwalczanych chwastów i dużej skuteczności. To znakomicie ułatwia prace rolnikom, gdyż mogą stosować tego typu środki chwastobójcze bez obaw o zniszczenie przy tym uprawianych roślin. Modyfikacja genetyczna uodparnia roślinę na jeszcze jeden herbicyd. Teoretycznie możliwe przekrzyżowanie rośliny uprawnej z gatunkiem dzikim i przeniesienie na niego tej nowej cechy odporności nie powoduje powstania żadnej przewagi ekologicznej takiej rośliny w środowisku naturalnym. Jeśliby nawet doszło do pojawienia się takiej rośliny, to łatwo można by ją zwalczyć standardowymi metodami mechanicznymi i innymi herbicydami.

Węgierski uczony Arpad Pusztai, pracujący w Wielkiej Brytanii, ogłosił w wywiadzie telewizyjnym wyniki swoich nierecenzowanych badań. Ich wyniki zostały zinterpretowane przez media jako potencjalnie zabójcze działanie biotechnologii na organizmy żywe. Pusztai wprowadził do ziemniaków gen produkujący lektynę- dobrze znana substancje antyżywieniową  Efekt jej obecności w pożywieniu był z góry do przewidzenia. Nikt nigdy nie prowadziła badań nad taką modyfikacją ziemniaków w celach komercyjnych, bo nie miałaby ona żadnego sensu ekonomicznego. Za bark rzetelności w badaniach i nieetyczna postawę, nieprzystającą naukowcowi Rowett Research Institute nie przedłużył kontraktu z Pusztaiem.

Nadmierna restrykcyjność w dostępie polskich rolników do nowoczesnych technologii może znacznie osłabić ich konkurencyjność na rynku unijnym w przyszłości  Czechy czy Niemcy  patrzą na to w inny sposób dając  szansę swoim rolnikom, w tych krajach rośliny GM są uprawiane. Na tym tle wątpliwe jest by rekompensował to chwilowy zwiększony popyt na polską żywność powodowany głównie przejściowo niższymi kosztami produkcji i  tym samym ceną.. Technofobia w UE jest jednak modą przemijającą, czego oznakami jest zmiana stanowiska Komisji Europejskiej , której przejawem jest dopuszczenie do obrotu transgenicznych mieszańców kukurydzy.

Zgodnie z prawodawstwem UE  (Dyrektywa 2001/18/EC oraz wcześniejsza dyrektywą  90/220/EC) liczne  GMO zostały dopuszczone do różnorodnego użycia, część do uprawy, część do importu i przetwórstwa , część jako pasza czy żywność. Jeśli chodzi o odmiany to dopuszczone zostały : kukurydza, rzepak, soja i cykoria. W trakcie procesu urzędowego są liczne wnioski o dopuszczenie na rynek kolejnych GMO m.in.: bawełny, ryżu. Część wniosków ogranicza się do  importu czy przetwórstwa, pozostałe zaś dotyczą również uprawy.

Produkty powstałe z GMO są dopuszczone na rynek UE . Są to w szczególności:

• soja GM
• kukurydza GM (regulacja (EC) 258/1997 i wcześniejsza dyrektywa 90/220/EEC)
• żywność przetworzona  z 7 odmian rzepaku i 4 odmian kukurydzy GM
• olej z 2 odmian bawełny (art. 5 Regulacja (EC) No 258/1997)
• słodka kukurydza BT11
• kukurydza NK603 (Regulacja (EC) no 97/258

Liczne produkty żywnościowe z GMO znajdują się na różnych etapach procesu dopuszczenia na rynek. Dotyczy to głównie produktów pochodzących z kukurydzy GM, buraków cukrowych oraz soi.

Etykietowanie produktów ma na celu pełna informacje dla klienta i umożliwienie mu świadomego wyboru .
Produkty składające się czy tez zawierające  GMO a także żywność produkowana z GMO   podlega etykietowaniu. Na etykiecie znajduje się zapis „Ten produkt zawiera genetycznie zmodyfikowany(e) organizm(y)” czy „Ten produkt zawiera genetycznie zmodyfikowany(e) [nazwa organizmu(ów)]” . W przypadku  produktów nieopanowanych, czy tez oferowanych do masowych dostawców żywności ten zapis musi pojawić się wraz z opisem produktu.